Maltos salyno istorija prasideda labai seniai, maždaug 5200 m. pr. m. e., kai salas apgyvendino atvykėliai iš netoliese esančios Sicilijos. Šie neolito laikotarpio žmonės, tikėtina, buvo žvejai ir žemdirbiai, kartais užsiimdavę ir medžiokle. Jie gyveno urvuose ir primityviuose būstuose, o jų kultūros raida siekia netgi vaisingumo simbolius. Vienas reikšmingiausių Maltos istorijos laikotarpių yra šventyklų statybos epocha, prasidėjusi apie 3600 m. pr. m. e. Šiuo metu statytos įspūdingos akmens konstrukcijos, kurių paskirtis ir simbolika glaudžiai susijusi su vaisingumo deivės kultu.
Šventyklų laikotarpis ir vaisingumo deivės kultas
Vienas iš seniausių pasaulyje laisvai stovinčių pastatų yra Džgantijos priešistorinė šventykla Gozo saloje. Dauguma Maltos salyno šventyklų pasižymi unikalia architektūra: jos dažniausiai susideda iš penkių pusapskritimių kambarių, sujungtų centrinėje dalyje. Archeologiniai radiniai rodo, kad šios struktūros galėjo simbolizuoti moters kūną - galvą, rankas ir kojas. Ši interpretacija sustiprėja atsižvelgiant į tai, kad šventyklose buvo randama daug stambių moters statulėlių, kurios laikomos vaisingumo deivės atvaizdais. Šis šventyklų statybos ir vaisingumo deivės garbinimo laikotarpis truko iki maždaug 2500 m. pr. m. e., po kurio ši civilizacija, sukūrusi šiuos megalitinius statinius, išnyko.
Bronzos amžius ir paslaptingosios vežimo vėžės
Po šventyklų laikotarpio Maltos salynas įžengė į Bronzos amžių. Šiam laikotarpiui priskiriama daugybė išlikusių gyvenviečių ir dolmenų - akmens plokščių statinių, primenančių altorius. Taip pat išliko ir vienas menhyrų - didelis akmens blokas, naudotas statant šventyklas, kuris vis dar stovi Kirkope ir yra vienas iš nedaugelio išlikusių geros būklės.
Vieni paslaptingiausių Bronzos amžiaus objektų salyne yra vadinamosios „vežimo vėžės“ iš Klaphamo sandūros. Tai du greta esantys, oloje iškalti grioveliai, besitęsiantys toli ir dažniausiai tiesiai. Jų tiksli paskirtis iki šiol nėra žinoma, tačiau jie kelia daugybę spekuliacijų. Kaip ir ankstesnių laikotarpių statytojai, taip ir šiuos objektus sukūrę žmonės galiausiai išnyko, palikdami archeologams neatsakytų klausimų.
Finikiečių, Kartaginiečių ir Romėnų įtaka
Maždaug 1000 m. pr. m. e. salas kolonizavo finikiečiai iš Tyro. Jie naudojo Maltą kaip svarbų prekybos centrą ir jūros kelių tyrimų bazę. Vėliau, apie 400 m. pr. m. e., salos perėjo į Kartaginos valdžią, o 218 m. pr. m. e. - į Romos imperijos. Romėnų valdymo laikotarpiu salos klestėjo. Naujajame Testamente minimas Šventojo Pauliaus laivo sudužimas apie 60 m. ir jo išsilaipinimas Melitos saloje, kuri, daugelio manymu, yra dabartinė Malta. Tai rodo Maltos svarbą regione net ir romėnų laikais.
Vandalų, Bizantijos ir Arabų valdymo metai
440 m. salą užėmė vandalai, neseniai užkariavę Afrikos provinciją. 533 m. Maltą iš jų atėmė Bizantijos generolas Belisarijus. Vėliau, užėmus Fatimidams, gyventojai 220 metų jautė stiprią arabų įtaką. Be unikalių kalbos elementų, kaip antai sikulo-arabų kalba, arabai į Maltą atvežė ir naujų drėkinimo technologijų, tokių kaip norija (vandens malūnas), kurios kai kurios naudojamos iki šiol. Tai liudija ilgalaikį arabų kultūrinį ir techninį poveikį.
Normanų užkariavimas ir europietiškoji orientacija
1091 m. Maltos sostinę Mdiną užėmė normanai, vadovaujami Rodžerio I, kurie anksčiau buvo užkariavę Sicilijos karalystę. Nors iš pradžių Rodžeris I įvedė saloms mokesčius, vietinę valdžią paliko arabams. Tačiau 1127 m. Rodžeris II Sicilietis galutinai panaikino arabų valdžią ir įkurdino normanų valdovus. Nuo to laiko Malta pradėjo orientuotis į europietiškąją kultūrą. Būtent normanų valdymo laikotarpiu vietinė kalba, kilusi iš arabų, pradėta vadinti Maltiečių kalba. 1224 m. iš Maltos ir Sicilijos salų buvo iškeldinti visi musulmonai, kas dar labiau sustiprino europietiškąją salų tapatybę. Po Normanų užkariavimo Maltos gyventojų skaičius didėjo dėl migracijos iš šiaurės, pavyzdžiui, 1223 m. į Maltą buvo perkelti žmonės iš Italijos Celano miesto.
Aragono, Ispanijos ir Šv. Jono Ordino valdžia
Nuo 1283 m. iki 1530 m. Malta formaliai priklausė Aragono karalystei, nors per šį laikotarpį ji buvo daugybę kartų parduota ir pirkta. Salą valdė Švabijos, Anžu, Aragono, Kastilijos ir Ispanijos valdovai. 1479 m. Aragonui ir Kastilijai susijungus, Malta tapo Ispanijos imperijos dalimi. Šiuo laikotarpiu (1372-1450 m.) į Maltą taip pat kėlėsi Sicilijos kilmingieji.
Didelis lūžis įvyko 1530 m., kai Šv. Romos imperatorius Karolis V perdavė Maltą jaonitams, kitaip dar žinomiems kaip Šv. Jono riteriai arba Maltos Ordinas. Šie riteriai 1531 m. ir ypač 1565 m. sėkmingai atlaikė galingus Osmanų imperijos puolimus. XVI a. pradžioje Osmanų imperija agresyviai plėtėsi Viduržemio jūroje, o 1522 m. sultonas Suleimanas Puikusis išvijo Švento Jono riterius iš Rodo salos. Karolis V, bijodamas Romos kritimo ir krikščioniškos Europos žlugimo, suteikė Maltos salas riteriams. Italų kalba buvo paskelbta oficialia. Ordino riteriai aktyviai puošė salą meno kūriniais, statė bažnyčias ir tvirtoves.
Po 1565 m. pergalės Maltos mūšyje, vadovaujant Jean Parisot de la Valette, prasidėjo dabartinės Maltos sostinės - Valetos - statybos. Miestas buvo planuojamas kaip tvirtovė, siekiant apsisaugoti nuo galimų Osmanų atakų. 1571 m. Valeta tapo sostine ir buvo pavadinta Jean Parisot de la Valette garbei. Viena iš pagrindinių Šv. Jono Ordino pareigų buvo teikti medicininę pagalbą piligrimams, keliaujantiems į Šventąją Žemę. Aštuonkampis kryžius, iki šiol naudojamas ambulatorijose ir pirmosios pagalbos organizacijose, yra šio Ordino simbolis. Mainais už gyvybių išsaugojimą, Ordinas gavo naujų teritorijų, kurias turėjo ginti. Laikui bėgant Ordinas tapo itin turtingas ir įtakingas.
Napoleono ir Britų valdymo metai
1798 m. salas užėmė Napoleonas Bonapartas, sustojęs pakeliui į Egiptą. Napoleonas pareikalavo saugaus uosto ir atsargų papildymo. Kai Maltos riteriai atsisakė duoti vandens, prancūzų divizija įsiveržė į Valetą. Didysis magistras pasidavė, o Napoleonas kelias dienas plėšė Ordino turtą ir įsteigė jam lojalią administraciją. Tačiau Napoleonas taip pat įvedė liberalią teisinę sistemą ir išlaisvino apie 2000 musulmonų vergų. Palikęs didelį garnizoną, jis išplaukė į Egiptą. Pradžioje maltiečiai, nepatenkinti Ordino valdymu, su optimizmu žiūrėjo į prancūzus, tačiau netrukus situacija pasikeitė. Prancūzai pradėjo uždarinėti vienuolynus ir konfiskuoti bažnyčios turtus, todėl maltiečiai sukilo. Generolo Claude-Henri Belgrand de Vaubois pajėgos buvo priverstos trauktis į Valetą. Po kelis kartus nesėkmingų bandymų užimti Valetą, maltiečiai paprašė britų pagalbos. Kontradmirolas seras Horacijus Nelsonas įvykdė visapusę blokadą, ir 1800 m. Maltos valdžia perėjo į britų rankas.
1802 m. Amenso sutartis numatė Maltos grąžinimą Švento Jono riteriams, tačiau patiems maltiečiams tai nepatiko. Britai ilgainiui suprato Maltos strateginę svarbą, ypač po Sueco kanalo atidarymo. Nepaisant to, maltiečiai dažnai jautė skurdą, kurį lėmė gyventojų gausa ir nuo karinių išlaidų priklausomos pajamos.
Kelias link nepriklausomybės ir modernioji istorija
1919 m. Maltoje kilo riaušės dėl išaugusios duonos kainos. Tai galimai paskatino 1921 m. įsteigti Maltos parlamentą, nors dalinai išrinkta įstatymų leidžiamoji taryba veikė jau nuo 1849 m. Maltos parlamentas buvo dviejų rūmų, su Senatu ir Įstatymus leidžiančiu susirinkimu. Konstitucija buvo sustabdyta du kartus: 1930 m. dėl politinio konflikto tarp Konstitucinės partijos ir Bažnyčios, ir 1934 m., kai vyriausybė skyrė lėšų pradiniam ugdymui itališkai.
1964 m. rugsėjo 21 d. Malta tapo nepriklausoma valstybe, o 1974 m. gruodžio 13 d. pasiskelbė respublika. Paskutinis gubernatorius-generolas Anthony Mamo tapo pirmuoju prezidentu. 1979 m. balandžio 1 d. paskutiniai britų kariai paliko salą, įvykis, žymintis Laisvės dienos šventę.
Vėlesniais dešimtmečiais Maltos politinis gyvenimas buvo dinamiškas. 1971 m. rinkimus laimėjo Maltos Darbo partija, vadovaujama Dom Mintoff. 1976-1981 m. buvo sunkus laikotarpis, pasižymėjęs būtinų prekių trūkumu ir periodiniais vandens bei elektros atjungimais. 1981 m. Nacionalistų partija surinko daugumą balsų, tačiau dėl rinkimų sistemos Darbo partija gavo daugumą vietų parlamente. Tai sukėlė konstitucinę krizę, kuri buvo išspręsta po dvejų metų derybų tarp partijų lyderių, sutarus, kad daugumą balsų laimėjusi partija sudarys vyriausybę.
1987 m. į valdžią grįžo Nacionalistų partija. 1990 m. liepos 16 d. Malta pateikė paraišką stoti į Europos Sąjungą. Nors 1996 m. rinkimus laimėjusi Darbo partija laikinai sustabdė šį procesą, 1998 m. grįžus Nacionalistų partijai, Malta tapo šalimi kandidate. Po ilgų derybų, 2003 m. referendume dauguma maltiečių balsavo už narystę ES. 2004 m. gegužės 1 d. Malta tapo Europos Sąjungos nare.
Šiandien Malta yra moderni Europos valstybė, išlaikiusi savo turtingą istorinį ir kultūrinį paveldą, kurį atspindi senovės šventyklos, romėnų liekanos ir viduramžių architektūra. Vaisingumo kultų istorinis atspindys, nors ir ne toks tiesioginis, išlieka kaip svarbi dalis salyno senovės istorijos supratime, jungiantis su Sicilijos kultūriniu kontekstu.